Yerba maté bevat cafeïne – en bij hoge doseringen kan dat zorgen voor hartkloppingen, slapeloosheid of angst. Daarnaast koppelen sommige studies het drinken van extreem hete yerba maté (boven de 70 graden) aan een verhoogd risico op slokdarmkanker. Dat risico lijkt vooral te spelen bij langdurig gebruik, vaak in combinatie met roken of alcohol
Een ander punt van zorg zijn PAH’s (polycyclische aromatische koolwaterstoffen). Deze stoffen kunnen ontstaan bij het roken of drogen van de bladeren. Vooral gerookte yerba maté kan kleine hoeveelheden PAH's bevatten.